1주택 보유자인 甲씨(원조합원)는 본인이 거주하고 있던 서울 소재 A아파트가 재건축이 되었다. 또한 21년 7월에 해당 주택이 관리처분계획인가을 받게 되어 조합원입주권으로 변환되었다. 甲씨는 양도일 현재 해당 조합원입주권 외 다른 주택은 보유하고 있지 않다. 甲씨는 급전이 필요하여 해당 조합원입주권을 양도하였고 근처 세무사사무실에 양도소득세 신고를 의뢰하였다.

이에 대해 양도세 신고를 의뢰받은 세무사는 甲씨가 해당 조합원입주권 이외에 다른 주택을 보유하고 있지 않고 관리처분계획인가일 현재 비과세 요건을 충족하였기 때문에 비과세가 가능하며 12억 초과분에 대해서만 세금을 내면 된다고 얘기를 하였으며 특히 장기보유특별공제의 경우 2020.1.1. 이후 양도분부터 2년 거주한 경우에만 표2 적용이 가능한데 甲씨의 경우 실제 거주한 기간이 2년 이상이므로 장특공제 표2에 따른 48% 공제율(보유기간 공제율 40% + 거주기간별 공제율 8%)을 적용하여 양도소득세 신고하였다.

세무서에서는 표2에 의한 장특공제 계산시 취득일부터 철거일까지의 보유기간 및 거주기간으로 산정하는 것이 아닌 취득일부터 관리처분계획인가일까지의 보유기간 및 거주기간으로 산정하는 것이라는 이유로 수정신고 안내문을 보내왔다.

소득세법 89조 ①항

4. 조합원입주권을 1개 보유한 1세대[「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획의 인가일 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제3호 가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여 양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득. 다만, 해당 조합원입주권의 양도 당시 실지거래가액이 12억원을 초과하는 경우에는 양도소득세를 과세한다.

가. 양도일 현재 다른 주택 또는 분양권을 보유하지 아니할 것

나. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 보유한 경우(분양권을 보유하지 아니하는 경우로 한정한다)로서 해당 1주택을 취득한 날부터 3년 이내에 해당 조합원입주권을 양도할 것(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)

소득세법 95조 ②항

② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 같은 표에 따른 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다.

소득세법 95조 ③항

③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다) 및 같은 항 제4호 각 목 외의 부분 단서에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 조합원입주권에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

소득세법 시행령 159조의4

법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택(제155조·제155조의2·제156조의2·제156조의3 및 그 밖의 규정에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다. 이 경우 해당 1주택이 제155조 제3항 각 호 외의 부분 본문에 따른 공동상속주택인 경우 거주기간은 같은 항 각 호 외의 부분 단서에 따라 공동상속주택을 소유한 것으로 보는 사람이 거주한 기간으로 판단한다.

1. 비과세 여부 판정

(1) 원조합원입주권에 해당할 것

조합원입주권 비과세 특례 규정(소법 89조 ①항 4호)은 관리처분계획인가일 현재 1대 1주택 비과세 요건을 충족하는 기존주택을 소유한 세대(=즉, 원조합원입주권)가 일정 요건을 충족하여 조합원입주권을 양도하는 경우 적용되는 규정이다. 즉, 관리처분계획인가일 이후에 취득한 승계조합원입주권의 경우 동 규정의 적용대상이 아님.

☞ 거주자 甲씨는 관리처분계획인가일 현재 종전주택을 소유한 원조합원이므로 해당 요건 충족함.

(2) 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 관리처분계획인가일(인가일 전 철거시에는 철거일) 현재 1세대 1주택자 비과세 요건을 갖출 것

① 2년 이상 보유기간 여부

원칙적으로 관리처분계획인가일 현재 2년 이상 보유한 주택이어야 한다. 다만, 관리처분계획인가일 이후 주택이 철거되지 않고 사실상 주거용으로 사용한 점을 입증시 예외적으로 이를 주택으로 보아 보유기간 및 거주기간에 합산할 수 있다.(사전법령해석재산 2019-739, 2021.07.23)

☞ 거주자 甲씨의 경우 관리처분계획인가일 현재 시점에 이미 2년 이상으로 보유하였으므로 요건 충족함.

② 2년 이상 거주기간 여부

원칙적으로 조정대상지역 지정 이후 취득한 주택의 경우 관리처분계획인가일 현재 2년 이상 거주한 주택이어야 한다. 다만, 관리처분계획인가일 이후 주택이 철거되지 않고 사실상 주거용으로 사용한 점을 입증시 예외적으로 이를 주택으로 보아 보유기간 및 거주기간에 합산할 수 있다.(사전법령해석재산 2019-739, 2021.07.23)

☞ 거주자 甲씨의 경우 2017.8.2. 이전에 종전주택을 취득하였으므로 거주요건 불요

(3) 양도일 현재 다른 주택 또는 분양권을 보유하지 아니하거나, 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 보유한 경우(분양권을 보유하지 아니하는 경우로 한정한다)로서 해당 1주택을 취득한 날부터 3년 이내에 해당 조합원입주권을 양도할 것

☞ 거주자 甲씨는 양도일 현재 해당 조합원입주권 외에 다른 주택 또는 분양권을 보유하고 있지 않으므로 해당 요건을 충족함

2. 장기보유특별공제 적용 판정

2017.8.2. 이전에 종전주택을 취득하였기 때문에 비과세 판단시 거주기간 요건이 불필요한 것은 맞지만(2017.8.2. 이전에 계약 체결한 것이 아닌 취득한 것이므로 무주택세대 요건은 생략함) 장특공제는 2020.1.1. 이후 양도분 부터는 2년 이상 거주를 해야지만 표2 적용이 가능하기 때문에 표2를 적용받기 위해서는 조정대상지역 여부 불문, 취득시기를 불문하고 2년 이상 거주를 해야 한다.

또한 실무적으로 장특공제를 적용할 때 아래와 같이 “표2를 적용하기 위한 거주기간”과 “장특공제 계산을 위한 거주기간”을 각각 구분하여 판단하여야 한다.

(1) 표2를 적용받기 위한 거주기간

최근 국세청 유권해석(사전법규재산 2023-141, 2023.11.30)에서는 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 관리처분계획의 인가일 이후 철거되지 않은 기존주택에 거주하는 경우 해당 거주기간은 표2를 적용받기 위한 거주기간에 산입되는 것으로 답변하였다.

☞ 해당 사례에서 거주자 甲씨는 취득일부터 관리처분계획인가일까지 18개월 거주하였고 관리처분계획인가일부터 철거일 전까지 실제 거주한 기간이 7개월이므로 해당 기간을 통산하여 2년 이상 거주하였으므로 표2 적용이 가능하다.

(2) 장특공제 계산을 위한 거주기간

해당 사례에서 쟁점이 되는 부분으로서 거주자 甲씨는 표2를 적용받기 위한 거주기간과 장특공제 계산을 위한 거주기간 모두 관리처분계획인가일 이후 미철거주택에서 거주한 기간을 산입하여 신고하였다.

하지만 관리처분계획인가일 이후 미철거주택에서 거주한 기간은 1세대 1주택 비과세 규정 중 보유 및 거주기간의 계산에 있어서 주택으로 보아 이를 통산해주는 것이지 장특공제 계산에 있어서는 이를 입주권으로 보아 산입하지 않는다.

이는 2013.1.1. 개정으로 통하여 소법 95조 ②항에 “조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다.”를 추가하여 관리처분계획 인가 전 양도차익에 한정하여 장특공제가 적용됨을 명확히 하였다.

☞ 결국 해당 사례에서 거주자 甲씨는 “관리처분계획인가일 이후 미철거주택에서 거주한 기간”에 대하여 표2를 적용받기 위한 거주기간에는 산입하지만 장특공제 계산을 위한 거주기간에는 산입하지 않았어야 하기 때문에 표2는 적용하되 보유기간 공제율로만 40%를 적용하여 신고했어야 하는 사안이었다.

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※ 필자주

Ⅰ. 해당 사례와 같이 표2 적용시 보유기간 공제율만으로 계산을 하는 다소 특수한 경우를 정리해보면 아래와 같습니다.

① 동일세대원으로부터 상속받은 1세대 1주택(고가주택)의 장특공제 적용함에 있어서 피상속인과 상속인의 거주기간을 통산하여 2년 이상이나 상속개시일 부터 상속인이 보유기간은 3년 이상이나 거주한 기간이 2년 미만인 경우

② 조특법 98조의2(지방 미분양주택 취득에 대한 양도소득세 등 과세특례)에 해당하는 경우로서 보유기간은 3년 이상이나 거주한 기간이 2년 미만인 경우

-> 소득세법 95조 ②항 각 표 외의 부분 본문에도 불구하고 장기보유특별공제는 표2를 적용할 수 있기 때문에 2년 거주 없이도 표2를 적용할 수 있는 것으로 해석할 수 있게 된다. 그렇다면 예를 들어 A주택(조특법 98조의2에 해당)을 10년을 보유하고 거주를 하지 못한 경우 장특공제 적용시 2년 거주를 하지 못해도 표2를 적용할 수 있으므로 보유기간별 공제율만 고려하여 40%(10년×4%)를 적용하게 된다.

③ 1세대 1조합원입주권(고가 입주권)의 장특공제 적용함에 있어서 취득일 ~ 관리처분계획인가일과 관리처분계획인가일 ~ 철거일까지의 거주기간을 통산하여 2년 이상이나 취득일 ~ 관리처분계획인가일까지 보유기간은 3년 이상이나 거주한 기간이 2년 미만인 경우