1주택 보유자(고가주택)인 송파구 주민 甲씨(원조합원)는 거주하고 있던 아파트가 재개발이 되었다. 甲씨가 가지고 있던 기존 아파트의 평가액(20억)이 새로 분양받을 아파트의 분양가액(12억)보다 높아서 그 차액만큼 총 8회에 걸쳐 청산금 8억원을 수령하기로 하였는데 이 중 5회분에 해당하는 금액은 수령한 상태이다.(기존건물 평가액: 20억, 분양가액: 12억, 청산금 수령액: 8억)

甲씨는 급전이 필요하여 이 입주권을 양도하였는데, 앞으로 수령할 3회분 잔여 청산금("분담금 환급예정액"이라고 함)과 프리미엄을 포함하여 30억원에 양도하였다.

단, 해당 계약과 관련하여 조합정관에는 "조합원의 권리가 이전된 때에는 조합원의 권리를 취득한 자로 조합원이 변경된 것으로 보며 양수받은 자는 청산 시 권리·의무에 관한 범위 등을 포괄승계한다"라고 명시되어 있으며 매매계약서 특약사항에는 "매도인 측 설명 하에 조합원 지위승계에 하자 없음을 확인함"으로 기재되어 있음.

이에 대해 양도세 신고를 의뢰받은 세무사 A씨는 조합원입주권 양도가액에서 "분담금 환급예정액"을 차감하여 양도가액을 산정하고 이를 1세대 1주택인 고가주택 양도로 계산하여 신고하였다.

담당 조사관은 조합원입주권 양도가액에서 "분담금 환급예정액"을 차감하여 신고한 것은 과소 신고한 것이므로 해당 금액을 입주권 양도가액에 포함하여 수정 신고하라고 안내하였다.

소득세법 시행령 제166조 [ 양도차익의 산정 등 ]

① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공(건물 또는 토지만을 제공한 경우를 포함한다)하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다.

2. 청산금을 지급받은 경우 다음 각 목의 금액을 합한 가액

가. [양도가액-(기존건물과 그 부수토지의 평가액-지급받은 청산금)-법 제97조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 필요경비]

나. [(기존건물과 그 부수토지의 평가액-기존 건물과 그 부수토지의 취득가액-법 제97조 제1항 제2호 및 제3호 또는 제163조 제6항에 따른 필요경비)]×[(기존건물과 그 부수토지의 평가액-지급받은 청산금)÷기존건물과 그 부수토지의 평가액]

도시 및 주거환경정비법에 의한 재개발·재건축사업에 있어서 종전자산의 평가액(권리가액)이 조합원분양가액을 초과하는 경우 해당 차액에 대하여 조합 등으로부터 지급받게 되는데 이를 청산금이라 한다.

또한 해당 청산금은 종전 부동산의 일부를 조합에 양도하고 그 대가를 받는 것이므로 유상이전에 해당하여 양도소득세 과세된다.(서면4팀 -1504, 2004.09.22)

상기 사례와 같이 원조합원인 거주자 甲씨가 청산금의 양도시기가 도래하기 전에 조합원입주권과 분담금 환급예정액을 동시에 매매하는 경우로서 미리 매수인으로부터 분담금 환급예정액을 조합원입주권에 대한 양도대가와 함께 수령하는 경우 양도소득세 신고를 어떻게 진행해야 할까?

물론 이에 대하여 법률상 명확한 근거는 없으나 실무적으로는 아래와 같은 이유로 양도소득세를 두 번 계산하여 신고하였다.

① 입주권과 청산금 수령권은 세법상 성격을 다르게 본다. 입주권은 부동산을 취득할 수 있는 권리이고, 청산금 수령권은 종전부동산의 분할양도로 보고 있다.

② 입주권과 청산금 수령권은 양도일자가 다르다.

입주권의 양도시기는 매도자와 매수자 사이의 잔금청산일이 되는 것이나 청산금 수령권의 양도시기는 최종적으로 청산금을 수령한 날(기획재정부재산 -405, 2014.05.21)에서 소유권이전 고시일의 다음날(기획재정부재산 -35, 2020.01.14)로 변경되었다.

기존 국세청 유권해석에서는 매도인이 조합원입주권을 양도하면서 분담금 환급예정액을 매수인에게 이미 정산 받고 매수인이 조합으로부터 최종적으로 청산금을 수령한 경우일 지라도 이에 대한 납세의무자는 입주권매수인으로 변경되는 것이 아닌 기존 부동산 소유자인 매도자에게 있다 하였다. (재산 -628, 2009.02.23)

따라서 이러한 해석에 근거하여 매도자는 계약서상 매매가액에 분담금 환급예정액이 포함되었다 할지라도 그 금액만큼 차감한 금액을 양도가액으로 보아 입주권에 대한 양도소득세를 계산하고 추후 청산금을 모두 수령하였을 때 청산금 수령권에 대한 양도소득세를 계산하여 두 번 신고하는 방식으로 실무상 처리를 해왔다.

또한 상기의 해석에 의하면 청산금수령권 총액은 결국 종전부동산 소유자가 종전부동산에 대한 분할양도로 보아 양도소득세 신고를 하기에 청산금수령권을 입주권의 양도가액에 포함하여 신고하게 되면 매도자 입장에서는 이중과세 문제가 발생할 수 있었기 때문이다.

하지만 최근 양도시기와 관련(즉, 상기의 ②번 근거와 관련)하여 이와 반대되는 해석이 나왔다.(조심 2023서3442, 2023.05.08) 즉, 상기의 사례와 같이 조합원입주권과 분담금 환급예정액을 함께 양도한 경우에 분담금환급예정액의 양도시기는 소유권이전고시일의 다음날이 아닌 조합원입주권의 양도시기와 동일한 것으로 보았으며 분담금 환급예정액을 조합원입주권 양도가액에 포함하여 계산해야 한다는 내용이었다. 이에 대한 심판례의 근거를 간단히 요약하면 아래와 같다.

① 청산금의 양도시기가 소유권이전고시일의 다음날이라고 답변한 기재부 해석은(기획재정부재산 -35, 2020.01.14) 해당 해석의 원문 내용 그대로 "토지 등 소유자가 신탁업자로부터 지급받는 청산금"에 국한해서 해석해야 하는 것이지 입주권 매도인과 매수인간 거래금액에 포함하여 지급한 분담금 환급예정액 상당액까지 청산금으로 볼 수는 없는 것이며

② 매도인이 조합원입주권을 양도함으로써 조합원에 대한 모든 권리와 의무가 매수인에게 포괄하여 승계되었기 때문에 분담금 환급예정액은 매도인이 매수자에게 양도한 입주권의 기존부동산 부분에 대한 양도대가로 수령한 것으로 봐야 한다는 것이다.

결론적으로 거주자 甲씨는 분담금 환급예정액의 양도시기를 소유권이전고시일의 익일로 보아 조합원입주권 양도가액에서 제외하고 양도소득세를 신고하였으나 해당 금액은 기재부 유권해석에서 언급하는 청산금으로는 볼 수 없기 때문에 양도시기는 조합원입주권의 양도시기와 동일하게 또한 해당 금액도 조합원입주권 양도가액에 포함하여 신고했어야 하는 사안이었다. 따라서 조합원입주권과 청산금수령권을 함께 양도하는 신고 의뢰가 들어온 경우 "양도시기 판정"에 주의를 해야 할 것으로 보인다.

마지막으로 해당 해석과 관련하여 몇 가지 이슈사항을 정리하면 아래와 같다.

첫째, 분담금 환급예정액의 양도시기

양도시기에 대한 부분은 위에서 자세히 설명하였으므로 생략함.

둘째, 계산과 관련한 사항

조합원입주권(=권리)과 청산금 수령권(=종전 부동산의 분할 양도)의 세법적인 성격이 다르기 때문에 조합원입주권에 대해서는 「소득세법 시행령」 제166조 제1항에서 규정한 조합원입주권의 양도차익계산 방식에 따라 계산하는 한편, 분담금 환급예정액에 대해서는 종전주택에 대한 양도차익으로 구분하여 계산해야 한다고 한 것에 대해서는 이견이 없었다.

하지만 어찌되었던 소득세법 시행령 166조에서는 조합원입주권과 청산금수령권을 함께 양도한 경우에 대한 양도차익 계산에 대해서 명확히 규정되어 있지 않기 때문에 납세의무자 및 청산금 수령 귀속 여부 등에 따라 ① 소령 166조 1항 2호 나목의 관리처분계획인가전양도차익에 곱하는 비율 산정 문제 ② 고가주택 판정문제 ③ 매수인의 취득가액 및 취득시기 산정 문제 등 여러 가지 계산상 이슈가 존재할 것으로 생각된다.

셋째, 납세의무자와 관련한 사항

사례와 같이 매도인이 조합원입주권과 분담금 환급예정액 수령권을 함께 양도하고 추후 최종적으로 청산금을 수령한 경우 해당 납세의무자와 관련하여 종전의 국세청 유권해석에서는 입주권매수인으로 변경되는 것이 아닌 기존 부동산 소유자인 매도자에게 있다 하였다.(재산 -628, 2009.02.23)

하지만 최근 국세청 유권해석은 등기부(신탁원부 포함)상 권리 득실 사항, 증여계약서 내용, 청산금의 실질 귀속여부 등을 종합적으로 검토하여 판단할 사항이라고 하였다.(사전법령해석재산 2021-178, 2021.06.30)

하지만 해당 사례에서 청산금의 법적성격은 종전 부동산의 일부를 조합에 양도하고 그 대가를 받는 것이고 종전부동산 소유자가 거주자 甲씨라는 사실은 변함이 없는데 사실관계에 따라 납세의무자가 달라질 수 있다면 실무상 납세의무자 판정에 어려움이 있을 것으로 생각된다.