거주자 甲씨는 일시적 1세대 2주택으로 양도소득세 비과세대상인 A아파트를 양도하였다. A아파트는 취득가액이 양도가액을 초과하여 양도차손이 발생하였는데 해당 결손금을 동일한 과세연도에 처분한 B토지의 양도소득에서 차감하여 양도소득세를 신고하였다.

세무서는 애초에 A아파트는 과세대상이 아니기 때문에 수익에 대하여 양도소득세를 과세할 수 없다면 손실에 대하여도 결손금으로 인정하지 않는 것이 공평하며, 법에서 규정하는 통산 역시 과세가 가능한 자산의 양도로 발생한 결손금만을 그 대상으로 하고 있다고 보아 A아파트의 결손금 공제를 배제하고 과소신고분에 대한 추가납부세액을 고지하였다.

소득세법 제102조 [ 양도소득금액의 구분계산 등 ]

① 양도소득금액은 다음 각 호의 소득별로 구분하여 계산한다. 이 경우 소득금액을 계산할 때 발생하는 결손금은 다른 호의 소득금액과 합산하지 아니한다.

1. 토지·건물, 부동산에 관한 권리, 기타자산에 따른 소득

2. 상장법인주식 또는 비상장법인주식에 따른 소득

3. 파생상품에 따른 소득

② 제1항에 따라 양도소득금액을 계산할 때 양도차손이 발생한 자산이 있는 경우에는 제1항 각 호별로 해당 자산 외의 다른 자산에서 발생한 양도소득금액에서 그 양도차손을 공제한다. 이 경우 공제방법은 양도소득금액의 세율 등을 고려하여 대통령령으로 정한다.

소득세법시행령 제167조의 2 [ 양도차손의 통산 등 ]

① 법 제102조 제2항의 규정에 의한 양도차손은 다음 각호의 자산의 양도소득금액에서 순차로 공제한다.

1. 양도차손이 발생한 자산과 같은 세율을 적용받는 자산의 양도소득금액

2. 양도차손이 발생한 자산과 다른 세율을 적용받는 자산의 양도소득금액. 이 경우 다른 세율을 적용받는 자산의 양도소득금액이 2 이상인 경우에는 각 세율별 양도소득금액의 합계액에서 당해 양도소득금액이 차지하는 비율로 안분하여 공제한다.

1. 결손금 통산의 적용기준

양도소득금액은 양도가액에서 필요경비(취득가액과 기타필요경비의 합계액)와 장기보유특별공제를 차감한 가액을 말하며 해당 금액이 음수인 경우 이를 결손금이라 한다. 이러한 결손금은 다른 자산의 양도소득금액과의 통산이 가능한데 소득세법은 통산 순서에 대하여 다음을 순차적으로 적용하여 자의적인 통산을 방지하도록 하고 있다.

① 국내자산과 국외자산으로 구분하여 통산한다.

② 다음의 호별로 구분하여 통산한다.

1호 : 토지·건물, 부동산에 관한 권리, 기타자산
2호 : 상장법인주식 또는 비상장법인주식
3호 : 파생상품

③ 동일 세율을 적용받는 자산과 통산한다.

④ 다른 세율을 적용받는 자산과 통산한다.

2. 비과세 주택의 통산 여부

비과세 주택의 양도에서 결손금이 발생한 경우 해당 결손금을 다른 자산의 양도소득금액에서 차감할 수 있는가에 대하여 조세심판원은 "과세대상이 아니어서 양도소득세를 과세할 수 없다면 그 양도로 인한 손실에 대하여도 결손금으로 인정하지 않는 것이 공평하다."고 서술하고 있으며 소득세법 제102조에서 규정하는 양도소득금액은 과세대상 양도소득만을 의미하기 때문에 비과세대상은 통산하지 않은 것이 맞다는 해석이다.

3. 비과세 고가주택의 통산 여부

비과세 고가주택의 경우 양도차손익 산정방식은 다음과 같다.

위 2.번의 내용에 따르면 결손금 통산은 원칙적으로 과세대상인 자산의 경우에만 통산이 가능하며 비과세대상 자산의 경우 통산이 불가능한 것으로 살펴보았는데, 이와 같은 법리에 따른다면 비과세 고가주택의 경우는 양도가액 중 9억을 초과하는 부분에 대하여만 과세하고 9억원 이하에 대하여는 비과세하는 것이므로 통산이 가능한 부분은 9억 초과분이라고 봄이 타당하며 조세심판원 또한 9억 초과분에 대하여는 통산이 가능한 것으로 보고 있다.

4. 국내자산과 국외자산의 통산 여부

국내에 당해 자산의 양도일까지 계속 5년이상 주소 또는 거소를 둔 거주자가 동일연도에 소득세법 제94조의 규정에 의한 국내자산과 동법 제118조의2의 규정에 의한 국외자산을 각각 양도한 경우 국내자산과 국외자산의 양도소득과세표준 및 산출세액은 이를 각각 구분하여 산정하는 것이며, 따라서 국외자산의 양도에서 발생한 결손금은 국내자산의 양도에서 발생한 소득금액과 통산하지 아니하는 것이다(서면4팀-962, 2005.06.16)

위 내용에 따라 그동안 주식의 경우에도 국내주식과 해외주식은 통산이 불가능한 것으로 해석되었으나 20.1.1 이후 주식을 양도하는 분부터 통산을 허용한다는 개정안이 아래와 같이 발표되었으니 이 점에 유의해야하겠다.