상가건물을 임대해 오던 임대사업자 甲씨는 대출이자의 압박과 공실의 부담 때문에 당해 건물을 양도하기로 결정하였다.

또한 거주가 甲씨는 매년 임대소득에 대하여 장부 기장을 통해 종합소득세 신고를 해왔고 해당 건물에 대한 감가상각비를 필요경비로 공제하였다.

해당 건물을 양도 후 거주자 甲씨는 장부 기장을 해주던 세무사 사무실에 양도세를 의뢰하였고 계산된 세액을 납부하였다.

담당조사관은 임대소득세 신고시 필요경비 산입한 감가상각비에 대하여 양도소득세 계산시 취득가액에서 차감하지 않았다는 이유로 수정신고를 하라는 안내문을 보내왔다.

소득세법 97조 ③항

제2항에 따라 필요경비를 계산할 때 양도자산 보유기간에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 금액을 그 취득가액으로 한다.

세법에는 이중 공제에 대한 부인 규정들이 있다.

그 중 상기의 감가상각비 차감 규정은 이중 공제에 대한 부인 규정 중 한 유형인 것이다. 즉, 세법은 비용을 이중으로 공제 받는 것을 방지하기 위해 위와 같은 규정을 두었다.

비슷한 케이스로 부가가치세의 경우에도 부가가치세법상 매입세액공제를 받은 경우에는 양도소득세에서 필요경비로 공제 받을 수 없고 반대로 매입세액공제를 받지 못한 경우에는 양도소득세에서 필요경비로 공제받을 수 있다.

결론적으로 임대사업자 甲씨는 장부기장을 통하여 사업소득세 계산시 감가상각비를 필요경비로 차감하여 비용 처리를 하였는데도 불구하고 양도소득세 계산시 동 금액을 취득가액에서 차감하지 않았기 때문에 감가상각비누계액 만큼의 비용을 이중으로 받은 것이고 이에 따라 수정신고를 하게 된 것이다.

실무적으로도 위의 사유로 양도소득세 계산시 취득가액에서 감가상각을 차감하지 않아 수정신고를 하게 된 사례가 굉장히 많다.

따라서 양도소득세 계산을 할 때 사업소득세 신고시 감가상각비를 차감했는지 여부를 꼼꼼히 체크하여 이중공제를 받지 않도록 주의를 요해야 할 것이다.

특히나 지난해 세법 개정(소득세법 시행령 68조 ②항)으로 인해 올해부터 소득세가 면제되거나 감면받은 경우뿐만 아니라 종합소득세를 추계 신고할 경우에도 감가상각자산(건축물은 제외)에 대하여 감가상각의제를 적용하기 때문에 앞으로는 장부기장(납세자가 감가상각하기로 선택한 경우) 뿐만 아니라 추계로 신고한 경우에도 추후 양도소득세 신고시 감가상각비 여부를 체크해야 될 것이다.