거주자 甲씨는 2주택자로서 종부세 부담 때문에 A주택(종전주택)을 양도하기로 결정하였다.

이에 대해 양도세 신고를 의뢰받은 세무사 K씨는 甲씨가 일시적 2주택자로서 비과세 요건을 충족하였기 때문에 비과세가 가능하며 9억 초과분에 대해서만 세금을 내면 된다고 얘기를 하였다.

또한 장기보유특별공제의 경우 A주택을 2017.8.2. 이전에 주택을 취득하였기 때문에 2년 거주요건은 불필요하며 높은 공제율(표2)을 적용받을 수 있어 세금이 많이 나오지 않을 거라고 안심을 시켜 주었고 이와 같은 내용으로 양도세 신고를 진행하였다.

세무서에서는 A주택에서 2년 이상 거주하지 않았기 때문에 양도차익 계산시 장기보유특별공제를 표2(최대 80%)가 아닌 표1(최대 30%)를 적용하는 것으로 판단, 표2를 적용한 장기보유특별공제를 부인하였다.

소득세법 제95조

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다.

소득세법 시행령 제159조의4

법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택(제155조·제155조의2·제156조의2·제156조의3 및 그 밖의 규정에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다.

1. 비과세 판단 적정성 여부

(1) 종전주택 취득일로부터 1년 이상 지난 후 신규주택을 취득했는지 여부

-> 종전주택(A주택) 취득일인 2013년 3월부터 1년 이상 지난 후 신규주택(B주택) 2018년 6월에 취득하였으므로 충족함.

(2) 신규주택 취득일로부터 종전주택을 3년 이내에 양도하였는지 여부

-> 해당 사례에서는 2018.9.13. 이전에 신규주택을 취득하였으므로 종전규정에 따라 중복보유 허용기간을 2년이 아닌 3년으로 적용한다. 따라서 신규주택(B주택) 취득일(2018년 6월)로부터 3년 이내에 종전주택(A주택)을 양도(2021년 4월)하였으므로 충족함.

(3) 양도주택(A주택)비과세 요건 충족 여부

① 2년 이상 보유 여부 : 2013년 3월~2021년 4월이므로 보유기간 요건 충족
② 2년 이상 거주 여부 : 2017.8.3. 이전에 취득하였으므로 거주요건 불요

따라서 甲씨의 경우 일시적 2주택 비과세 요건을 충족하였으므로 비과세는 가능하다. (단, 양도주택(A주택)이 9억원을 초과하는 고가주택이므로 9억원을 초과하는 부분에 대해서만 세금 발생)

별론 이지만 해당 사례와 연결하여 거주자 甲씨가 A주택(일시적 2주택 비과세 적용)을 양도하고 나서 추후 하나 남은 B주택을 양도한다고 가정하면 B주택의 보유기간 기산일은 언제부터 기산할까?

① 당해 주택 취득일인 2018년 6월부터 기산
② 직전 주택 양도일인 2021년 4월부터 기산

정답은 ①번이다. 왜냐하면 소득세법 시행령 154조 ⑤항에 의거 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 경우에는 처분 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산하지만 "제155조, 제155조의2 및 제156조의2 및 제156조의3에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2주택"은 제외되기 때문이다.

반대로 A주택이 비과세 요건을 충족하지 못하여 과세 받고 추후 남은 B주택을 양도한다면 B주택의 보유기간 기산일은 언제부터 기산할까?

① 당해 주택 취득일인 2018년 6월부터 기산
② 직전 주택 양도일인 2021년 4월부터 기산

정답은 ②번이다. 왜냐하면 이 경우는 "제155조, 제155조의2 및 제156조의2 및 제156조의3에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2주택"에 해당하지 않기 때문이다.

2. 장기보유특별공제 여부

해당 사례에서의 쟁점은 장특공제를 표1을 적용할 것인지 아니면 표2를 적용할 것인지에 대한 부분이다.

그 전에 장특공제와 관련한 최근 개정사항들을 정리하여 보면 다음과 같다.

1. 2019.1.1. 이후 양도 분부터 표1 적용시 연간공제율이 3%에서 2%로 하향 되었고 적용기간은 10년에서 15년으로 연장되었다. 따라서 최대 30% 공제를 받으려면 15년 이상 보유해야 하는 것이다. (소득세법 95조 개정사항)

2. 2018년 9.13 부동산대책의 일환으로 2020.1.1 이후 양도분부터 2년 이상 거주한 경우에 한하여 표2 적용이 가능하고 2년 미만 거주시 표1을 적용하는 것으로 개정되었다. (소득세법 시행령 159의3 개정사항, 2021.2.17. 소득세법 시행령 159조의4로 이동)

3. 2019년 12.16 부동산대책의 일환으로 2021.1.1. 이후 양도분부터 표2를 적용할 때 보유기간과 거주기간에 따라 각각 연간 4% 공제율을 적용하는 것으로 개정되었다. (소득세법 95조 개정사항)

1번의 내용은 표1과 관련한 개정사항이고 2번과 3번의 내용은 표2와 관련한 개정사항 인데 위의 내용으로 알 수 있듯이 표2에 대한 부분이 연달아 두 번이나 개정되었다.

필자가 생각하기에 표2와 관련하여 자주 실수할 수 있는 사례는 아래와 같이 정리해볼 수 있다.

1. 10년을 보유하였지만 거주는 못한 경우 2021.1.1. 이후 양도분 부터는 보유기간별 공제율과 거주기간별 공제율 각각 4%씩 공제하여야 하니 보유기간별 공제율만 40%(10년×4%)를 적용하면 된다.

-> (×)

왜냐하면 소득세법 95조 단서에 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우 표2를 적용받을 수 있고 대통령령인 소득세법 시랭령 159조의4를 따라가 보면 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것으로 규정하고 있기 때문이다. 따라서 2년 거주를 하지 못한 경우에는 표2가 아닌 표1을 적용해야 하기 때문에 장특공제율은 20%(10년×2%)가 되는 것이다.
또한 2019.12.31. 이전 양도분 까지는 1세대 1주택(소득령 155조, 155조의2, 156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대 1주택으로 보는 주택 포함)으로서 보유요건을 충족하였으나 거주요건을 충족하지 못하여 과세되는 경우에도 표2 적용이 가능하였으나 2020.1.1. 이후 양도분 부터는 지역 불문하고 2년 이상 거주를 못한 경우 표2 적용이 불가능 하다.

2. 양도하는 주택이 조정대상지역이 아닌 경우 2년 거주를 하지 않아도 표2를 적용받을 수 있다.

-> (×)

왜냐하면 조정대상지역이 아닌 경우 2년 거주를 하지 않아도 되는 것은 1세대 1주택 비과세와 관련된 내용이지 장특공제와는 관련이 없다. 즉, 장특공제 표2 적용을 위한 2년 이상 거주요건은 조정대상지역 소재 여부를 불문하고 충족해야 하는 것이다.

3. 1세대 1주택 비과세와 관련하여 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분하고 최종 1주택 양도시 보유기간을 직전 주택 양도일부터 기산한 경우 거주기간도 직전 주택 양도일부터 기산하게 되는데 장특공제와 관련한 거주기간도 마찬가지로 직전 주택 양도일부터 기산하여야 한다.

-> (×)

왜냐하면 1세대 1주택 비과세 적용시 보유기간 계산과 관련하여 소득세법 시행령 154 ⑤항에 의거하여 최종 1주택 양도시 보유기간을 직전 주택 양도일부터 기산한 경우 거주기간도 마찬가지로 직전 주택 양도일부터 기산해야 한다는 유권해석이 나왔다. (기획재정부재산-35,2021.01.14.) 따라서 보유기간 기산을 직전 주택 양도일부터 기산한다면 거주기간도 직전 주택 양도일부터 기산하면 될 것이고 반대로 보유기간 기산을 당해 주택 취득일부터 기산한다면 거주기간도 당해 주택 취득일부터 기산하면 될 것으로 보인다.

그렇다면 장특공제 적용과 관련한 거주요건 판단시 기산점은 언제부터 해야 하는 것일까?

실무상 상반되는 의견이 있으나 필자의 생각으로는 상기의 비과세 관련 규정과 장특공제 규정은 법조문 자체가 다르기 때문에 별개로 해석해야 하는 것이지 비과세 판단시 보유기간을 직전주택 양도일부터 기산한다고 장특공제 거주기간도 직전주택 양도일부터 기산하는 것은 아닐 것으로 생각된다.

즉, 비과세 보유기간 기산점과 관계없이 장특공제의 거주기간 기산은 취득일부터 기산하는 것이 타당하다고 본다.

상기의 사례에서 세무사 K씨가 실수한 부분은 조정대상지역에 소재한 종전주택(A주택)을 2017.8.2. 이전에 취득하였기 때문에 거주요건이 불필요한 것이 비과세뿐만 아니라 장특공제 적용시 까지 동일하게 판단하였다는 것이다.

즉, 2017.8.2. 이전에 종전주택을 취득하였기 때문에 비과세 판단시 거주기간 요건이 불필요한 것은 맞지만(2017.8.2. 이전에 계약 체결한 것이 아닌 취득한 것이므로 무주택세대 요건은 생략함) 장특공제는 2020.1.1. 이후 양도분 부터는 2년 이상 거주를 해야지만 표2 적용이 가능하기 때문에 표2를 적용받기 위해서는 조정대상지역 여부 불문, 취득시기를 불문하고 2년 이상 거주를 해야 하는 것이다. (따라서 상기의 사례에서는 표2가 아닌 표1이 적용되었어야 함)

별론 이지만 2020.1.1. 이후 양도분부터 장특공제에도 표2를 적용받기 위해서는 2년 이상 거주요건이 도입되면서 실무상 해석하기 어려운 케이스들이 많아진 것은 사실이다. 이와 관련하여 몇 가지 예를 들어보면

첫째, 재개발·재건축아파트 청산금 납부 케이스와 관련된 부분이다.

이와 관련된 내용은 기존 칼럼에 상세하게 기술되어 있으니 참고하기 바란다. ☞ 재건축아파트 청산금 납부시 장기보유특별공제 주의하자

둘째, 조특법 98조의2(지방 미분양주택 취득에 대한 양도소득세 등 과세특례)와 관련하여 해석상 애매한 부분이 있는데 먼저 해당 조문을 보면 아래와 같다.

① 거주자가 2008년 11월 3일부터 2010년 12월 31일까지의 기간 중에 취득(2010년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 경우를 포함한다)한 수도권 밖에 있는 대통령령으로 정하는 미분양주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 「소득세법」 제95조 제2항 각 표 외의 부분 본문과 같은 법 제104조 제1항 제3호에도 불구하고 장기보유특별공제액 및 세율은 다음 각 호의 규정을 적용한다.

 

1. 장기보유특별공제액: 양도차익에 「소득세법」 제95조제2항 표2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액

2. 세율: 「소득세법」 제104조제1항제1호에 따른 세율

즉, 조특법 98조의2에 따르면 소득세법 95조 ②항 각 표 외의 부분 본문에도 불구하고 장기보유특별공제는 표2를 적용할 수 있기 때문에 2년 거주 없이도 표2를 적용할 수 있는 것으로 해석할 수 있게 된다.

그렇다면 예를 들어 A주택(조특법 98조의2에 해당)을 10년을 보유하고 거주를 하지 못한 경우 장특공제 적용시 2년 거주를 하지 못해도 표2를 적용할 수 있으므로 보유기간별 공제율만 적용하여 40%(10년×4%)를 적용하면 되는 것일까?

-> 이에 대한 해석은 독자 분들의 판단으로 넘기도록 하겠다.