거주자 甲씨는 2013.12.20. 용인시 소재 A주택을 취득하였다. (A주택은 구청에서 조특법 99조의2 감면대상주택임을 확인받았으며 감면요건을 모두 충족하였다.)

2017.6.20 남양주시 퇴계원면 B아파트에 대한 매매계약을 체결(계약금 지급함)하였고 2017.9.2.에 잔금청산하였다. (단, 甲씨는 B주택에 거주사실이 없음)

또한 2018.9.11. 서울시 소재 C아파트에 대한 매매계약을 체결(계약금지급함) 2018.11.26. 잔금청산하였다.

거주자 甲씨는 B아파트의 시세가 10억을 넘어가자 2020.12.5에 양도를 결정하였으며 이에 대한 양도세 신고를 주변 세무사 사무실에 의뢰하였다.

세무사 D씨는 해당 아파트가 1세대 1주택 고가주택 비과세가 가능하며 9억원을 초과하는 부분에 대해서만 신고하면 된다고 甲씨를 안심시켰으며 이러한 내용으로 신고하였다.

세무서에서는 1세대 1주택 비과세 요건을 충족하지 않아 비과세를 부인하였으며 3주택 이상이므로 전체금액에 대하여 누진세율+20% 중과를 적용하고 장기보유특별공제를 배제하여 수정신고 하라는 안내문을 보내왔다.

조특법 99조의2

② 「소득세법」 제89조제 1항 제3호를 적용할 때 제1항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

소득세법 시행령 154조

①법 제89조제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.  

5. 거주자가 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우로서 해당 거주자가 속한 1세대가 계약금 지급일 현재 주택을 보유하지 아니하는 경우

소득세법 시행령 167조의 3

①법 제104조 제7항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다.

13. 제155조 또는 「조세특례제한법」에 따라 1세대가 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보거나 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항이 적용되는 주택으로서 같은 항의 요건을 모두 충족하는 주택

■ 서면법령해석재산 2018-240, 2018.05.03

2017.8.2. 이전에 조정대상지역 내 주택을 취득하는 매매계약 체결 및 계약금을 지급한 1세대의 해당주택 비과세 거주요건(2년) 적용여부 판정 시 조세특례제한법§99의2 적용 주택을 보유한 경우 무주택세대로 보지 않음.

이번 칼럼에서는 필자가 기존 예규의 사실관계를 수정하여 최대한 많은 이슈가 들어갈 수 있게끔 만들어 보았다. 따라서 독자분들도 tip에 있는 내용을 읽기 전에 해당 사례의 비과세 및 중과세율 이슈에 대하여 먼저 한번 같이 생각해보고 tip을 읽어보는 시간을 가져보았으면 좋겠다.

< 비과세 관련 >

1. 주택 수 산입 여부

해당 사례는 감면주택 + 일시적 2주택 관련한 내용인데 일시적 2주택 비과세 주택 수를 판단할 때 조특법 99조의2에 해당하는 감면주택은 주택 수에 산입되지 않는다.

2. 일시적 2주택 비과세 요건 충족 여부

(1) 종전주택 취득일로부터 1년 이상 지난 후 신규주택을 취득했는지 여부

종전주택(B아파트) 취득일인 2017.9.2. 부터 1년 이상 지난 후 신규주택(C아파트)를 2018.11.26.에 취득하였으므로 해당 요건은 충족하였다.

(2) 신규주택 취득일로부터 종전주택을 3년 이내에 양도해야할지 2년 이내에 양도해야 할지 여부

조정대상지역 내에 있는 신규주택인 C아파트를 2018.9.13. 이후인 2018.11.26.일에 취득하였으나 2018.9.13. 이전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급하였으므로 종전규정인 3년 이내에 양도하면 비과세 가능(단, 2018.9.13. 이전에 계약금 지급하였음을 입증할 수 있는 계좌이체 내역서 등이 必)

여기서 중복보유허용기간 3년 혹은 2년을 판단할 때 주의해야할 것은 신규주택 취득일(신규주택 18.9.14 이후 취득) 당시 신규주택과 종전주택이 모두 조정대상지역에 소재하고 있어야 개정된 중복보유허용기간인 2년을 적용하게 된다는 것이다.

해당사례는 2018.9.13. 이전에 매매계약을 체결(계약금 지급함)하였으므로 종전규정을 적용받았지만 이와 별개로 자주 실수하는 부분이 남양주시 퇴계원면에 소재한 B아파트의 경우 조정대상지역이 2017.9.6.에 지정된 이후로 2019.11.8.에 별내, 다산을 제외하고 다시 해제되었으며 2020.6.19. 화도읍, 수동면, 조안면을 제외하고 다시 재지정되었다. 따라서 2019.11.8.에 조정대상지역에 해제되었다고 중복보유허용기간을 종전규정인 3년으로 판단하는 실수를 자주하곤 한다. 특히 이러한 실수는 경기도권이나 부산광역시처럼 조정대상지역의 지정과 해제가 반복된 지역에서 많이 일어나니 이러한 지역에 대하여 특히나 각별한 주의가 필요하다.

3. 종전주택 비과세 요건 충족 여부

(1) 2년 보유 여부 : 2017.9.2.~2020.12.5.이므로 2년 보유 충족

(2) 2년 거주 여부 : 2017.8.2. 이전에 매매계약을 체결(계약금 지급함)하였으나 계약 당시 무주택자가 아니므로 2년 거주요건이 필요하다. 따라서 해당 사례에서 甲씨는 B주택에서 거주를 한 사실이 없으므로 요건을 불충족 하였다.

실무에서 자주 실수하는 부분을 해당 사례에서 쟁점으로 만들어 보았다. 조정대상지역 지정 여부에 영향을 받는 조문들은 납세자의 예측 가능성 제고를 위하여 경과 규정을 만들었다. 해당 사례의 경우로 한번 살펴보면 1세대 1주택 비과세 중복보유허용기간과 거주기간에 대한 신뢰보호 규정이 있다.

먼저 1세대 1주택 비과세 중복보유허용기간과 관련하여 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 신규 주택을 취득하거나 신규 주택을 취득하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우에는 개정규정이 아닌 2년이 아닌 종전규정인 3년을 적용한다.

2년 거주기간과 관련하여서는 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우로서 해당 거주자가 속한 1세대가 계약금 지급일 현재 주택을 보유하지 아니하는 경우에는 거주기간을 필요로 하지 않는다.

상기의 규정을 비교해 보면 공통점과 차이점이 존재한다는 것을 알 수 있다.

먼저 공통점은 조정대상지역 공고 전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 입증되는 경우에 납세자의 예측가능성을 위하여 개정규정을 적용하지 않는다는 점이다.

하지만 차이점은 거주요건의 경우 계약금 지급일 현재 무주택 요건이 추가가 된다. 즉, 거주요건의 경우 계약일 당시 1세대가 주택을 소유하고 있는 경우 비과세를 받기 위해서는 2년 거주요건을 충족하여야 한다는 것이다.

해당 사례의 경우에서 1세대 1주택 비과세를 받을 수 없었던 이유가 바로 여기에 있다. 거주자 甲씨의 경우 B주택 매매계약 체결일인 2017.6.20. 당시 감면주택인 A주택을 소유하고 있으므로 무주택 요건을 충족하지 못하여 비과세를 받기 위해서는 2년 거주를 했어야 한다. 물론 감면주택이 1세대 1주택 비과세 적용과 관련하여 주택수에 산입되지 않기 때문에 거주기간 또한 주택 수에 빠져야 되는 것이 아닌가라는 물음이 있을 수 있지만 이러한 물음에 반하는 예규가 이미 존재한다. (서면법령해석재산 2018-240[법령해석 -1219], 2018.05.03)

정리하자면 조정대상지역과 관련하여 영향을 받을 수 있는 조문들은 신뢰보호를 위한 경과 규정이 있는데 거주기간의 경우 요건이 2가지가(공고전 매매계약체결 + 매매계약 체결일 당시 무주택자) 있다는 것. 즉, 실무를 하다보면 중복보유허용기간처럼 조정대상지역 공고 전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급하는 경우 무주택자 여부와 관계없이 종전규정을 받다 보니 이러한 케이스를 계속 상담하다보면 거주기간도 이와 같다고 순간 착각할 수 있으니 이를 주의하여야 할 것이다.

< 중과세 관련>

1. 주택 수 산입 여부

감면주택 + 일시적 2주택 사례와 관련하여 비과세 판단시에는 주택 수에 산입되지 않으나 중과세 판단시에는 감면주택이라도 중과 주택 수에는 산입된다. 즉, 해당 감면주택을 양도할 때 중과세율이 배제되는 것이지 다른 주택을 양도했을 때에도 주택 수에 빠지는 것이 아니니 이를 주의해야 할 것이다.

2. 1세대 1주택 고가주택 관련하여 9억 초과 부분에 대한 중과세 적용 여부
　　(단, 해당 사례에서 2년 거주요건을 충족한 것으로 가정하고 기술함.)

(1) 2021.2.16. 이전 양도분

올해 시행령이 신설되기 이전까지는 실무에서 중과세율과 관련하여 가장 많이 실수하는 부분 중 하나였다. 이와 관련된 내용은 기존 칼럼에 상세하게 기술되어 있으니 참고하기 바란다. ☞ 3주택 이상 고가주택 중과 여부 주의하자

즉, 다주택자가 1세대 1주택 비과세 요건을 충족한 조정대상지역 소재 고가주택을 양도하는 경우 9억원 초과 부분에 대하여 중과세율이 적용되는 것이고 장특공제도 배제된다. 이는 감면주택이 중과세율 판단시 주택 수에 산입된다는 내용과 맥락을 같이 한다.

해당 사례와 관계없이 감면주택이 없었어도 9억원 초과 부분에 대하여도 중과세율이 적용되었을까?

그렇지 않다. 왜냐하면 그런 경우에는 소득세법 시행령 167조의 10 8호 규정에 열거되어 있기 때문에 감면주택이 없었다면 9억 초과분에 대하여 중과세율이 적용되지 않았을 것이며 장기보유특별공제 또한 적용되었을 것이다.

(2) 2021.2.17. 이후 양도분

시행령 개정 전까지 9억초과분에 대하여 중과세율 적용하는 것에 대하여 관련 예규가 나오면서 실무에서도 해당 사례에 대하여 과세가 많이 이루어지고 있었으나 그럼에도 논란은 계속되었다. 결국 2021.2.17. 이후 양도분 부터는 해당 사례에 대하여 중과가 배제되는 시행령이 개정되었다. 따라서 상기의 사례에서 비과세 요건을 충족했다고 가정한다면 소득세법 시행령 167조의3 ①항 13호에 의거하여 중과가 배제되며 장특공제 또한 적용된다.

따라서 만약 2년 거주까지 충족하여 비과세를 요건을 모두 갖추었다면 거주자 甲씨는 B주택을 2021.2.17. 이후 양도해야 유리한 것이다.

반대로 시행령 개정 이전에 양도한 경우 소급하여 중과배제가 되지는 않으니 이에 대한 부분도 주의하길 바란다.