거주자 갑씨는 감면주택(B주택)을 포함하여 3주택을 보유 중에 일반주택(A주택)을 양도하였다.

거주자 갑씨의 주택 보유 현황은 다음과 같다.

- 2007. 12. 31. 서울 도봉 소재 상가주택(이하"A건물") 부친으로부터 수증하여 취득 (공부상 근린생활시설, 실제사용 주택과 상가 겸용)

- 2013. 12. 11. 경기 성남 소재 아파트(이하"B주택") 분양계약 및 2016.10.06. 소유권 등기 완료
* 조세특례제한법 제99조의2 적용대상임을 확인하는 날인을 받은 주택

- 2017.12.31. 서울 은평구 소재 아파트 취득(이하"C주택")

- 2018.12월 A건물 양도(양도가액 9억초과) -> 조정대상지역에 소재

세무서에서는 중과배제 규정에 열거되어 있지 않다는 이유로 양도차익 중 9억 이하의 경우에는 비과세가 적용되나 9억 초과분에 대해서는 3주택자 중과세율을 적용하고 장기보유특별공제는 부인하였다.

소득세법 제89조

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지("주택부수토지")의 양도로 발생하는 소득
가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택
나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

조세특례제한법 제99조의2(신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)

② 「소득세법」 제89조 제1항 제3호를 적용할 때 제1항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

서면부동산 2018-3457(2019.02.14.)

「조세특례제한법」제99조의2를 적용받는 주택을 보유하고, 일반주택을 양도할 때 양도주택이 고가주택에 해당하고, 1세대 3주택자인 경우 고가주택에 해당하는 부분에 대해서는 중과세율 적용되고 장특공제 배제됨

사전법령해석재산 2017-586(2017.10.11)

조특법 §99의2가 적용되는 주택을 포함하여 1세대가 3주택을 보유하다가 나중에 취득한 일반주택 양도시 일시적 2주택 비과세 특례가 적용되는 것임

사례의 경우 A주택에 대한 일시적 2주택 비과세 여부를 판정할 때 조특법 99조의2의 특례주택은 주택수에 포함하지 않는다.

따라서 대체주택인 C주택 취득일로부터 3년 이내에 A주택을 양도하는 경우 비과세는 가능하다.
* 필자 주) 사례와 같이 종전주택과 대체주택 모두 조정대상지역에 소재하고 있는 상황에서 만약 C주택을 18.9.14 이후 취득하였다면 2년 이내 양도해야 비과세가 가능하며 C주택을 19.12.17 이후 취득하였다면 1년 이내에 양도하면서 동시에 1년 이내에 C주택에 전입해야 비과세가 가능할 것임

하지만 9억을 초과하는 고가주택을 양도하는 경우 9억 이하 분에 대해서만 비과세를 적용하고 9억을 초과하는 부분에 대해서는 비과세를 배제하여 일정한 산식에 의거하여 양도차익을 계산한다는 점과 양도하는 A주택이 조정대상지역에 소재하고 있기 때문에 이 부분에 대하여 중과여부를 판정해야 한다.

사례의 경우 A주택의 경우 소득세법 시행령 167조의3에 열거되어 있는 중과배제주택에 해당하지 않는다는 점과 조특법 99조의2의 특례주택의 경우 다른 주택 양도시 주택수에 포함된다는 점 때문에 이러한 유권해석이 나온 것으로 보인다.

즉, 위 질의해석으로 유추해 보면 양도하는 주택이 고가주택(9억 초과)이고 조정대상지역에 있으면서 아래 요건 중 하나에 해당하는 경우 9억 초과분은 장기보유특별공제 배제 및 중과하여 과세해야 한다. (여기서 양도주택은 일시적 2주택 중 종전주택 또는 2년 이상 거주주택을 말함)

① 조특법상 특례주택 + 일시적 2주택으로 3주택 이상인 경우
② 장기임대주택 + 일시적 2주택(2년 이상 거주주택 + 미등록 일반주택)

따라서 추후 새로운 유권해석이 나오거나 법률이 개정되지 않는 한 양도 순서를 달리하는 것이 현재 예규의 해석상 가장 최선의 방법이라고 본다.

순서1) 감면주택을 먼저 양도(중과배제 규정에 열거되어 있는 주택을 양도하는 것이므로 중과는 적용 안함)

순서2) A주택을 양도(일시적 2주택인 상태에서 양도하는 것이므로 2주택자 중과배제 규정에 해당하여 9억 초과분에 대하여 중과 적용을 받지 않으며 장기보유특별공제도 8% 공제율 적용 가능)
* 필자 주) 만약 2020.1.1 이후에 양도한다면 2년 거주한 경우에만 8% 공제율 적용이 가능하며 2021.1.1. 이후 양도한다면 보유기간과 거주기간에 따라 각각 연간 4%를 곱하여 장기보유특별공제 계산하는 것임