거주자 甲씨는 거주하고 있는 주택(경기도 하남시 거주) 이외에 자신이 직접 농사를 짓고 있는 농지(경기도 하남시 소재)와 임야(경기도 하남시 소재)를 소유하고 있다.

그러다가 아들 결혼자금으로 급전이 필요하여 농지를 2019년 2월에 먼저 양도하였다. 세금 신고를 의뢰한 A세무사 말로는 A토지는 8년 이상 甲씨가 직접 자경한 농지이기 때문에 자경감면이 가능하다고 하였고 이에 따라 100% 감면을 적용하여 신고를 하였다. (기본공제 250만원 차감 후 신고함)

그리고 몇 달 뒤 아들의 결혼 부족자금을 마저 채우기 위하여 2019년 7월에 임야도 양도하였다. 임야에 대한 세금 신고는 친척의 소개로 알게 된 B세무사에게 맡기게 되었는데 B세무사 말로는 임야의 경우 비사업용토지를 판단할 때 재촌 요건을 따지며 거주자 甲씨가 소재하고 있는 주소와 임야 소재지의 거리가 30㎞ 이내인 기간이 법에서 정한 일정 기간 이상이므로 사업용토지에 해당한다고 하였고 이에 따라 적접하게 신고하였다. (甲씨가 B세무사에게 종전에 농지를 양도한 사실을 전달하지 않아 임야 양도시에도 기본공제 250만원 차감 후 신고함)

세무서에서는 동일한 과세연도(1.1~12.31)에 2개 이상의 부동산을 양도하는 경우 양도소득 금액을 통산하여 계산하는 것이며, 양도소득 기본공제 250만원 또한 1과세기간(1.1~12.31) 에 1회만 공제하는 것을 이유로 들어 이중 공제한 250만원을 부인하였다.

소득세법 제103조(양도소득 기본공제)

① 양도소득이 있는 거주자에 대해서는 다음 각 호의 소득별로 해당 과세기간의 양도소득금액에서 각각 연 250만원을 공제한다.

1. 제94조제1항 제1호·제2호 및 제4호에 따른 소득. 다만, 제104조제3항에 따른 미등기양도자산의 양도소득금액에 대해서는 그러하지 아니하다.(부동산그룹)

2. 제94조제1항 제3호에 따른 소득(주식그룹)

3. 제94조제1항 제5호에 따른 소득(파생상품그룹)

② 제1항을 적용할 때 제95조에 따른 양도소득금액에 이 법 또는 「조세특례제한법」이나 그 밖의 법률에 따른 감면소득금액이 있는 경우에는 그 감면소득금액 외의 양도소득금액에서 먼저 공제하고, 감면소득금액 외의 양도소득금액 중에서는 해당 과세기간에 먼저 양도한 자산의 양도소득금액에서부터 순서대로 공제한다.

③ 제1항에 따른 공제를 "양도소득 기본공제"라 한다.

소득세법 제90조(양도소득세의 감면)

① 제95조에 따른 양도소득금액에 이 법 또는 다른 조세에 관한 법률에 따른 감면대상 양도소득금액이 있을 때에는 다음 계산식에 따라 계산한 양도소득세 감면액을 양도소득 산출세액에서 감면한다.

양도소득세 감면세액 = A ×	(B - C)	× E
	D

A : 제104조에 따른 양도소득 산출세액
B : 감면대상 양도소득금액
C : 제103조 제2항에 따른 양도소득 기본공제
D : 제92조에 따른 양도소득 과세표준
E : 이 법 또는 다른 조세에 관한 법률에서 정한 감면율

양도소득이 있는 거주자에 대해서는 미등기자산 외의 모든 자산에 대하여 부동산 등 그룹, 주식그룹, 파생상품 그룹별로 구분하여 각각의 양도소득금액에서 연 250만원을 공제한다.

즉, 국내자산 뿐만 아니라 국외자산까지 고려한다면 한 거주자가 기본공제가 가능한 자산을 양도하였을 때 연간 받을 수 있는 기본공제는 최대 1,250만원까지 공제가 가능한 것이다. 단, 파생상품의 경우 국내, 국외자산을 합산하여 250만원을 공제받는다.

그룹	국내자산	국외자산
부동산 등 그룹	연250만원	연250만원
주식그룹	연250만원	연250만원
파생상품 그룹	국내, 국외자산 합산하여 연 250만원

또한 비거주자의 경우에도 국내원천소득인 양도소득에 대한 과세표준을 계산할 때 거주자와 동일한 방법으로 과세하기 때문에 기본공제를 공제할 수 있다. (재일46014-1494,1997.6.19.)

다만, 미등기 양도자산의 경우에 대하여는 기본공잘못된 계산식제 적용이 배제가 된다.

실무적으로 중요한 것은 이러한 기본공제에도 공제 순서가 있다는 것이다. 이를 유형별로 나누어서 살펴보기로 한다.

유형1. 감면소득과 과세대상자산이 있는 경우 양도소득기본공제 적용 순서

과세소득과 감면소득이 있는 경우 양도소득기본공제는 과세소득금액에서 먼저 공제하고, 미공제분은 감면소득금액에서 공제한다.

(1) 감면소득이 있는 자산을 먼저 양도한 경우

양도일자	양도물건	기본공제
2019년 2월	8년 이상 자경농지의 양도	②
2019년 7월	임야 양도	①

※ 2019년 2월 양도 당시에는 추후 다른 자산의 양도가 있을 것을 미리 예측할 수 없기에 기본공제를 적용한 후 신고하였을 것이다. 2019년 7월에 임야를 양도하면서 1년에 2회 이상 양도하였기에 합산신고서를 작성해야 하며 이러한 합산신고를 작성하는 과정에서 기본공제의 경우에도 자경농지가 아닌 임야에 기본공제를 차감하도록 바꿔야하는 것이다.

(2) 감면소득이 있는 자산을 나중에 양도한 경우

양도일자	양도물건	기본공제
2019년 2월	임야 양도	①
2019년 7월	8년 이상 자경농지의 양도	②

(3) 감면소득과 과세대상자산이 있는 경우로서 과세대상자산의 소득금액이 250만원에 미달하는 경우

양도일자	양도물건	양도소득금액	기본공제 금액
2019년 2월	임야 양도	100만원	100만원 차감
2019년 7월	8년 이상 자경농지의 양도	8천만원	150만원 차감 (250만원-100만원)

유형2. 감면소득이 없는 경우 양도소득금액의 적용 순서

감면소득이 없고 과세소득자산만 연중 2회 이상 양도하였을 경우에는 먼저 양도한 자산의 양도소득금액에서부터 공제한다.

양도일자	양도물건	기본공제
2019년 2월	토지 양도	①
2019년 7월	분양권 양도	②

유형3. 당해 연도에 세율이 다르게 적용되는 부동산을 양도한 경우로서 어느 부동산을 먼저 양도하였는지 불분명한 경우 적용 순서(예를 들어 둘 이상의 자산을 동시에 양도한 경우) 납세자에게 유리하다고 판단되는 양도소득금액에서부터 순차로 공제한다.

양도일자	양도물건	소득금액	적용세율	기본공제
2019년 7월	토지 양도(비사업용 토지에 해당)	28백만원	25%	①
2019년 7월	토지 양도(사업용 토지에 해당)	19백만원	15%	②

유형4. 감면율이 각각 다른 감면자산을 2회 이상 양도한 경우에 적용 순서

감면율이 낮은 감면자산부터 양도소득기본공제를 적용한다.

양도일자	양도물건	감면율	기본공제
2019년 2월	수용감면 토지(현금보상)	10%	①
2019년 7월	자경감면 토지	100%	②

결론적으로 위의 유형들을 종합적으로 살펴보았을 때 유형2를 제외한 나머지 유형들은 납세자에게 유리한 순서로 차감한다는 점만 기억하면 되는 것이다.

또한 수정신고한 사례에서도 볼 수 있듯이 실무적으로 납세자가 양도소득세 신고를 의뢰한 경우 해당 납세자가 이전에 신고한 자산이 있는지를 사전에 체크해야 기본공제를 이중으로 공제하는 실수를 줄일 수 있을 것으로 판단된다.