서울시 강동구(조정대상지역)에 단독주택과 인천(조정대상지역 아님)에 아파트를 각각 1채씩 보유하고 있는 甲씨는 최근 강동구에 있는 단독주택을 양도하였다.

수임을 맡은 세무사A씨는 조정대상지역내에 2채 이상을 보유하여야지 중과세율을 적용해야 한다고 생각하였고, 甲씨는 조정대상지역내에 주택 하나와 조정대상지역외에 아파트 하나를 보유하고 있으므로 중과세율 대상자가 아니라고 판단하여 장기보유특별공제를 차감하고 일반 누진세율을 적용하였다.

관할 세무서에서는 다주택자이므로 중과세율 대상자이므로 누진세율에 10% 가산하여 세율계산을 해야하며 장기보유특별공제도 받을 수 없다라고 하였다.

다주택자의 중과세율 적용 시 보유주택수를 계산할 때 조정대상지역 내의 주택만 카운트되는게 아니고, 전국의 주택수를 기준으로 판단해야 하기 때문이다.

소득세법 제95조 [ 양도소득금액 ]

② 장기보유특별공제액이란 미등기양도자산과 중과세율 대상자산 자산은 제외한다

제104조 [ 양도소득세의 세율 ]

⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다.)을 양도하는 경우 누진세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 1년 미만인 경우에는 누진세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 단기세율(100분의 40)을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.

1. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대 2주택에 해당하는 주택

2. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권을 각각 1개씩 보유한 경우의 해당 주택

3. 조정대상지역에 있는 주택으로서1세대 3주택 이상에 해당하는 주택

4. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권을 보유한 경우로서 그 수의 합이 3 이상인 경우 해당 주택

Ⅰ. 중과세율 적용

2주택자가 조정대상지역 내 주택을 양도하면 장기보유특별공제는 차감하지 않고, 누진세율에 10%를 중과하여 계산한다. 3주택이상자라면 역시 장기보유특별공제를 차감하지 않고, 누진세율에 20%를 중과하여 계산하면 된다.

Ⅱ. 보유주택 수 계산

1. 보유주택이 모두 조정대상지역에 있어야만 하는 것은 아니다.

중과세율은 조정대상지역과는 상관없이 국내에 2개의 주택(수도권·광역시·세종시외의 지역의 3억이하 주택은 주택 수에서 제외)을 가지고 있는 자가 양도하는 주택이 마침 조정대상지역내에 있었을 때 장기보유특별공제를 배제하고 누진세율에 10%를 중과하여 계산한다. 따라서 조정대상지역내의 주택만으로 2주택 혹은 3주택의 보유주택 수를 판단하면 안된다.

2. 입주권은 보유주택 수에 포함된다.

보유주택 수 계산을 할 때 입주권을 소유하고 있는 경우 입주권도 주택 수에 포함된다. 2005.12.31. 이전에는 주택이 재개발·재건축이 되어서 입주권으로 전환되었을 때 주택 수에 포함되지 않아 사실상 다주택자인데도 불구하고 중과대상에서 제외되어왔다. 이를 방지하고자 2006.01.01. 이후부터는 입주권도 중과세율 적용할 때에는 주택으로 간주하게 되었다. 이는 입주권을 원조합원으로부터 승계취득한 승계조합원의 입주권도 마찬가지이다. 주의할 점은 입주권을 양도할 때에는 중과세율을 계산하지 않는다는 것이다. 주택 양도 시 중과세율 적용할 때 입주권도 보유주택 수에 포함이 된다는 것이지 입주권을 양도할 때에도 중과세율을 적용한다는 것은 아니기 때문이다.